После апгрейда до МТ 3.2 и проведенных тестов выяснилось, что TrackDecode работает с новой версией в полном объеме (включая логгинг). Утащить плагин, позволяющий вам не думать о кодировках при получении трекбека на ваш MovableType-блог (плагин работает для всех блогов на одном установленном МТ), можно здесь.

Кстати, похоже что скоро (сезон-другой) поддержка Trackback появится и в е2, что (когда оно случится), будет меня сильно радовать.

Upd: Hooray.